Вправе ли организация учесть для целей налогообложения расходы на обучение работника, если договор заключен между работником и учебным заведением, а денежные средства по договору компенсировались работнику (не перечислялись учебному заведению)?

Да, вправе.Обоснование. В соответствии с пп. 23 п. 1 ст. 264 НК РФ в состав прочих расходов, связанных с производством и реализацией, включаются расходы на обучение по основным и дополнительным профессиональным образовательным программам, профессиональную подготовку и переподготовку работников организации-налогоплательщика...