Планируется реорганизация двух казенных учреждений путем слияния. Полномочным заявителем назначен действующий директор одного их учреждений. Кто должен нести расходы за публикацию сообщения в СМИ и аналогичные расходы (учредитель, казенное учреждение)?
Поскольку речь идет о казенном учреждение, собственник в решении о реорганизации должен кроме других определений указать источник финансирования расходов на реорганизацию и порядок распоряжения этими средствами. Это было установлено Минфином в письме о порядке проведения реорганизации от 2003 года еще.
Есть более свежий документ по этой теме - Порядок создания, реорганизации, изменения типа и ликвидации ФГУ, утвержденный Постановлением Правительства РФ ль 26.07.2010 № 539.
Что касается расходов, так как у Вас не присоединение, а слияние, по ГК каждое учреждение обязано от своего имени размещать сообщения в печати и рассылать информацию контрагентам.